بسیاری از افرادی که زیر دست شهید فخری زاده در دهه ۹۰ میلادی در پروژه‌های مختلف هسته‌ای کار میکردند، نمیدانستند که زیر نظر او کار میکنند و حتی بسیاری از متخصصین هسته‌ای نمیدانستند که نقشه راه هسته‌ای کشور توسط چه کسی ریخته شده است! شدت پنهانی کاری برنامه هسته ای ایران که به طور جدی در دهه ۹۰ میلادی ریخته شد، نشان از این دارد که ایران برنامه بلند مدتی را برای ساخت سلاح هسته‌ای در نظر گرفته بود، که در نهایت در اواخر سال ۱۹۹۹ میلادی در قالب پروژه آماد شکل و شمایل کامل بخود گرفته و وارد فاز عملیاتی شد. در واقع در طول ۱۰ سال دهه ۹۰، زیر ساخت‌های اصلی هسته‌ای کشور، کشف استعداد‌ها و آموزش پرسنل، تحقیقات مورد نیاز، تهیه، تامین و ساخت تجیهزات و غیره برای پروژه آماد، توسط شهید فخری زاده با پنهان کاری شدید و با دستان نامرئی ایشان مهیا شده بودند.
“پیگیری خطرناک ایران برای سلاح هسته ای”
در اوایل دهه ۱۹۹۰، ایران تلاش هایی را برای ایجاد یک نقشه راه هسته ای جامع با مشارکت بیش از ۲۰۰ کارشناس از وزارت دفاع، سازمان انرژی اتمی ایران (AEOI)، وزارتخانه های انرژی و نفت، دانشگاه ها و صنایع خصوصی آغاز کرد. محسن فخری زاده نقش اساسی در تدوین این نقشه راه داشت. او یک افسر نوظهور سپاه و دانشمند هسته‌ای بود، با سمت‌هایی در وزارت دفاع و لجستیک نیروهای مسلح و دانشگاه امام حسین، دانشگاهی که سپاه ایجاد کرد و زیر نظر وزارت دفاع و سپاه پاسداران انقلاب اسلامی بود. نقشه راه عمومی نیست، اما شامل برنامه ریزی برای تمام جنبه های صنعت هسته ای ایران است و به طور ضمنی و زمینه ای، برنامه های هسته ای نظامی و غیرنظامی را در بر می گیرد. بخش مهمی از نقشه راه، ایجاد امکانات برای ساخت یک راکتور هسته‌ای در ایران بود، اما وسعت این طرح گزارش شده نشان می‌دهد که این طرح همچنین شامل برنامه سانتریفیوژ و تسلیحات هسته‌ای نیز می شده، که هر دو پروژه‌های به شدت مخفی در دهه ۱۹۹۰ بودند. این نقشه راه شامل مطالعه دقیق پتانسیل هسته‌ای ایران، از جمله شناسایی استعدادهای مربوطه در کشور بود. توسعه آن سه تا چهار سال طول کشید و پس از اتمام، در سال ۱۹۹۷ به رئیس جمهور ایران تحویل داده شد. نقش فخری زاده در تدوین این طرح حتی از بسیاری از کارشناسان هسته ای خودی مخفی ماند. زمانی که AEOI بخشی از نیروی کار را جذب کرد، فخری زاده در پس زمینه باقی ماند و به طور مخفیانه از آنها از طریق خرید قطعات و تجهیزات که بیشتر آن را در خارج از کشور خریداری کرده بود، حمایت فنی کرد. افرادی که در ساخت تاسیسات هسته ای شرکت داشتند بدون اینکه از نقش فخری زاده اطلاع داشته باشند کار می کردند. او مانند دستی نامرئی راهنمایی می کرد و حمایت مادی را سازماندهی می کرد.
در همین حال، در بیشتر دهه ۱۹۹۰، برنامه تسلیحات هسته ای ایران در حالی که به آرامی توسعه می یافت، با مشکل مواجه شد. مشکلات فنی و مخالفت های بین المللی روند دستیابی ایران به سلاح هسته ای را کند کرد و دستیابی به مواد هسته ای هم اورانیوم غنی شده و هم پلوتونیوم جدا شده را به تعویق انداخت و در توسعه توانایی ایران برای تسلط بر ساخت کلاهک هسته ای تداخل ایجاد کرد و برنامه این کشور را در ساخت یک موشک بالستیک برد بلند قادر به حمل سلاح هسته ای پیچیده کرد. با این حال، دهه ۱۹۹۰ همچنین زمانی بود که این برنامه زمینه پیشرفت قابل توجهی، به ویژه در دستیابی به طیف وسیعی از کالاها، دانش فنی و خدمات از خارج از کشور را فراهم کرد. اعضای سابق مجموعه تسلیحات هسته ای شوروی کمک های حیاتی به ایران در توسعه زیرمجموعه های کلیدی سلاح هسته ای ارائه کردند. کره شمالی همچنین به تامین‌کننده مهم موشک‌های بالستیک و فناوری‌های مرتبط تبدیل و ایران قادر به توسعه و ساخت موشک‌های بالستیک خود، به‌ویژه موشک بالستیک شهاب ۳، وسیله ای برای تحویل دهی کلاهک‌های هسته‌ای شد.
