در یک سند داخلی آژانس بینالمللی انرژی اتمی در سال ۲۰۰۹ در بخشی با عنوان «بیانات مقامات ایرانی» آمده است:
“آژانس [انرژی اتمی] مطلع شد که در آوریل ۱۹۸۴ رئیس جمهور وقت ایران، حضرت آیتالله خامنهای در دیدار مقامات عالیرتبه سیاسی و امنیتی در کاخ ریاستجمهوری تهران اعلام کردند که رهبر معنوی امام خمینی (ره) تصمیم به فعالسازی مجدد برنامه هستهای گرفته است. به گفته حضرت آیتالله خامنهای، این تنها راه مصون ماندن اصل انقلاب اسلامی از دسیسههای دشمنانش بهویژه آمریکا و اسرائیل و آمادهسازی آن برای ظهور امام مهدی بود. حضرت آیتالله خامنهای همچنین در این دیدار اعلام کردند که زرادخانه هستهای ایران به عنوان یک عامل بازدارنده در دستان سربازان خدا خواهد بود.”
“گزارش پادمانی آژانس در نوامبر ۲۰۱۱، رشد برنامه تسلیحات هستهای ایران را توصیف میکند که در سالهای ۲۰۰۲ و ۲۰۰۳ به اوج خود رسید و در آن نقطه به طور ناگهانی متوقف شد. آژانس همچنین در این گزارش اطلاعاتی به کشورهای عضو ارائه کرد مبنی بر اینکه برخی از جنبه های این برنامه پس از سال ۲۰۰۳ ادامه یافته یا از سر گرفته شده و ممکن است ادامه داشته باشد. شواهد نشان میدهد که آیتالله خامنهای از پروژه آماد حمایت میکرد.”